বাংলাদেশের আর্থ- সামাজিক, সাংস্কৃতিক ও  ঐতিহাসিক প্রেক্ষাপটে মাদকদ্রব্যের ব্যবহার অতি প্রাচীন ব্রিটিশ ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানি তাদের বানিজ্যিক স্বার্থে ভারতবর্ষে প্রথম অফিম চাষ ও অাফিম ব্যবসা শুরু করেছিল এবং এর জন্য একটি ফরমান জারী  ও কিছু কর্মকর্তা নিয়োগ করে। ব্রিটিশরা ভারতবর্ষে আফিম উৎপাদন করে চীনসহ বিশ্বের অন্যান্য দেশে রপ্তানি করে বিপুল অর্থ উপার্জন করে এবং এদেশে আফিমের দোকান চালু করে 1957 সনে আফিম ব্যবসাকে সরকারী নিয়ন্ত্রনাধীন এনে প্রথম অাফিম আইন প্রর্বতন এবং 1878 সনে অাফিম আইন সংশোধন  করে অাফিম ডির্পামেন্ট প্রতিষ্ঠা করা হয়। অত:পর গাঁজা ও মদ থেকেও রাজস্ব আদায় শুরু হয় এবং 1909 সনে বেঙ্গল এক্সাইজ অ্যাক্ট ও বেঙ্গল এক্সাইজ ডিপার্টমেন্ট প্রতিষ্ঠা করা হয়। আফিম ও কোকেন ‍দিয়ে তৈরী বিভিন্ন ধরণের মাদকের প্রসার ঘটলে 1930 সনে সরকার The Dangerous Drugs Act-1930 প্রনয়ন করে। একইভাবে সরকার আফিস সেবন নিয়ন্ত্রনের জন্য 1932 সনে The Opiun Smoking Act-1932  প্রনয়ন এবং 1939 সনে The Dangerous Rules-1939 প্রনয়ন করে। 1947 সনে পাকিস্তান প্রতিষ্ঠার পর মুসলমানদের জন্য মদ পান নিয়ন্ত্রণের জন্য 1950 সনে The Prohibition Rules 1950 তৈরী হয়। পাকিস্তান আমলে 1957 সনে The Opium sales Rules 1957 প্রণীত হয়৤ এর পর ষাটের দশকে বেঙ্গল এক্সাইজ ডিপার্টেমেন্টকে এক্সাইজ এন্ড ট্যাক্সেশন ডিপার্টমেন্ট হিসেবে নামকরণ করে অর্থ মন্ত্রণালয়ের অধীন ন্যাস্ত করা হয়।

মহান মুক্তিযুদ্ধের মধ্য দিয়ে বাংলাদেশের অভ্যুদয়ের পর 1976 সনে এক্সাইজ এন্ড ট্যাক্সেশন ডিপার্টমেম্টকে পুনরায় পুনবিন্যাসকরণের মাধ্যমে নারকোটিকস এন্ড লিকার পরিদপ্তর নামে জাতীয় রাজস্ব বোর্ডের অধীন ন্যাস্ত করা হয়। 1982 সনে কোডিন মিশ্রিত কফ সিরাপ, এ্যালকোহলযুক্ত কতিপয় হেলথ টনিক, ট্যাবলেট, সিরাপ ইত্যাদির উৎপাদন  ও বিপপন নিষিদ্ধ করা হয়। 1984 সনে আফিম ও মৃতসঞ্জীবনী সুরা নিষিদ্ধকরণ এবং1987 সনে গাঁজার চাষ বন্ধ ও 1989 সনে সমস্ত গাঁজার দোকান তুলে দেয়া হয়।

1989 সনে পর্যন্ত নারকোটিকস এন্ড লিকার পরিদপ্তরের মূল লক্ষ্য ছিল দেশে উৎপাদিত মাদকদ্রব্য থেকে রাজস্ব আদায় করা। আশির দশকে সারা বিশ্বে মাদকদ্রব্যের অপব্যবহার ও অবৈধ পাচার আশঙ্কাজনকভাবে বৃদ্ধি পায়। বাংলাদেশ এ সমস্যার মোকাবেলায় মাদকদ্রব্যের অপব্যবহার ও অবৈধ পাচার রোধ, মাদকের ক্ষতিকর প্রতিক্রিয়া সম্পর্কে গণসচেতনতার বিকাশ এবং মাদকাসক্তদের চিকিৎসা ও পুনর্বাসনকেল্পে 1989 সনের শেষের দিকে মাদকদ্রব্য নিয়ন্ত্রণ অধ্যাদেশ,1989 জারী করা হয়। অত:পর 2 জানুয়ারী 1990 তারিখে মাদকদ্রব্য নিয়ন্ত্রণ আইন 1990 প্রণয়ন করা হয় এবং নারকটিকস এন্ড লিকারের স্থলে একই বছর তৎকালীন রাষ্ট্রপতির সচিবালয়ের অধীন মাদকদ্রব্য নিয়ন্ত্রণ অধিদপ্তর প্রতিষ্ঠা করা হয়।

গণপ্রজান্ত্রী বাংলাদেশ সরকারের স্বরাষ্ট্র মন্ত্রণালয়ের অধীন মাদকদ্রব্য নিয়ন্তণ অধিদপ্তর। দেশে অবৈধ মাদকরক প্রবাহ রোধ, ঔষধ ও অন্যান্য শিল্পে ব্যবহারয্য বৈধ মাদকের শুল্ক আদায় স্বাপেক্ষে আমদানি, পরিবহন ও ব্যবহার নিয়ন্ত্রণ, মাদকদ্রব্যের সঠিক পরীক্ষণ, মাদকাসক্তদের চিকিৎসা ও পুনর্বাসন নিশ্চিতকরণ, মাদকদ্রব্যের কুফল সম্পর্কে ব্যাপক গণসচেতনতা সৃস্টির লক্ষ্যে নিরোধ কার্যক্রমের পরিকল্পনা ও বাস্তবায়ন, জাতিসংঘসহ অন্যান্য আন্তর্জাতিক সংস্থার সাথে নিবিড় কর্ম-সম্পর্ক তৈরীর মাধ্যমে জাতীয় ও আন্তর্জাতিকভাবে মাদকের বিরুদ্ধে প্রতিরোধ গড়ে তোলা অধিদপ্তরের প্রধান দায়িত্ব।

1990 সনে মাদকদ্রব্য নিয়ন্ত্রণ অধিদপ্তর প্রতিষ্ঠার পর অধিদপ্তরটিকে 25 টি উপ-অঞ্চলে বিভক্ত করে এর কার্যক্রম পরিচালিত হতে থাকে। সে হিসাবে কুষ্টিয়া, চুয়াডাঙ্গা ও মেহেরপুর  এই তিনটি জেলা নিয়ে কুষ্টিয়া উপ-অঞ্চল কার্যক্রম চালিয়ে আসছিল। পরবতীতে অধিদপ্তর এক প্রজ্ঞাপন জারির মাধ্যমে 2015 সালের সেপ্টেম্বর মাসে অধিদপ্তরটির সাংগঠনিক পরিবর্তন করে দেশের 64 টি জেলায় এর কার্যালয় প্রতিষ্ঠা করা হয়। সে থেকে মেহেরপুর জেলা মাদকদ্রব্য নিয়ন্ত্রণ কার্যালয় নামে এর যাত্রা শুরু হয়।